同じ事象になりました。
【Access】RefreshLinkを実行すると「主キーは既に存在しています」とエラーになるようになった
ODBCのリンクテーブルの TabeDef オブジェクトで、接続先とスキーマを同期するために RefreshLink を実行すると「主キーは既に存在しています」という謎のエラーが出るようになりました。以前は出ていなかったので、まあAccessの更新関係だとは思いました。
以前も同じように、Access の更新が原因で不具合がありました。
[Access] ビルド 14827.20158 で最適化などの排他コマンドが使えなかった
今回は更新が多く、また特定してもしょうがないので、昨年バージョンに戻します。
上記リンクの対応方法にある、そのままの方法で OK です。管理者でコマンドプロンプトを表示し、以下のコマンドを入力します。
cd "%programfiles%\Common Files\Microsoft Shared\ClickToRun"
OfficeC2RClient.exe /update user updatetoversion=16.0.17029.20068
バックグラウンドでバージョンを元に戻してくれます。